Wie eigentlich für alle Energieformen und auch alle regenerativen Energiequellen gibt es auch beim Biogas Kritiker. Um den Ausbau erneuerbarer Energien zu fördern, wird die Einspeisung vergütet. Der schnelle Ausbau und die zu starke Förderung werden bei Biogas ebenso kritisch gesehen wie bei anderen erneuerbaren Energien, besonders der Solarenergie.
2009 lag Deutschland mit Abstand an der europäischen Spitze, was die Produktion von Biogas pro Einwohner betrifft. Die Nutzung von Biogas ist in mancher Hinsicht ökologisch und ökonomisch sinnvoll, sie kann jedoch auch mit dem Naturschutz in Konflikt geraten.
Die landwirtschaftlichen Anbauflächen, die vermehrt zur Produktion von Energiepflanzen genutzt werden, fallen für die Nahrungsmittelproduktion weg. So kommt es zu einer Nutzungskonkurrenz. Monokulturen können auch eine negative Folge des Biogas-Booms sein. Ein weiterer Kritikpunkt der Biogas-Gegner ist die Förderung durch das Erneuerbare-Energien-Gesetz. Diese führt dazu, dass Landwirte Energiepflanzen zur Erzeugung von Biogas anbauen, denn dies wird vom Staat gefördert. Bekommt der Bauer dafür mehr Geld, als er für den Anbau von Futtermitteln bekommen würde, werden dadurch ebenfalls Monokulturen gefördert.
Die intensivere Landbewirtschaftung hat ebenfalls ungünstige Auswirkungen auf Boden, Grundwasser und Artenvielfalt. Auch kann bei falscher Lagerung der Gärreste Methan entweichen, das einen starken klimaschädigenden Effekt hat. Andererseits kann die Vergärung von Gülle zur Erzeugung von Biogas wieder Methan-Emissionen reduzieren.
Die Nutzung von Biogas hat Biogas hat Nachteile, aber natürlich auch einige Vorteile: Nicht nur, dass zur Herstellung nicht auf endliche, fossile Energieträger zurückgegriffen werden muss, es werden auch biologische Abfälle nutzbringend verwertet. Dabei ist es ökologisch gesehen vertretbarer, Reste und nicht anderweitig verwertbare Pflanzenteile zu verwenden, als gezielt auf großen Flächen Energiepflanzen wie Mais und Raps anzubauen. Biogas kann je nach Bedarf erzeugt werden und ist nicht wie andere regenerative Energien von Witterungsbedingungen abhängig.
Das Umweltministerium selbst gibt zu, dass Biogas nicht grundsätzlich in jeder Hinsicht ökologisch vorteilhaft ist. In einer Untersuchung wurde analysiert, wie Biogas möglichst nachhaltig genutzt werden kann. Die Nachteile von Biogas ergeben sich vor allem bei ungünstigen Konzepten und Anbausystemen. Es ist darauf zu achten, dass aus den Lagern möglichst wenig Methan entweichen kann. Auch die Entsorgung muss sorgfältig gehandhabt werden.
Ganz besonders wichtig ist auch eine schonende und nachhaltige Anbauweise. Das Umweltministerium schlägt hier die Beibehaltung vielgliedriger Fruchtfolgen und eine an den jeweiligen Standort angepasste Förderung vor. Methoden und Biomasse-Arten, die ökologisch vorteilhafter sind, sollten bevorzugt werden. Zudem sollten Biogasanlagen und Lager wie Silos dem bestmöglichen Stand der Technik entsprechen, Kraft-Wärme-Kopplung sollte zu einer Erhöhung der Energieeffizienz eingesetzt werden und die erzeugte Energie möglichst nah am Produktionsort genutzt werden. Dann kann Biogas trotz einiger Nachteile durchaus ökologisch sinnvoll genutzt werden.